本宮主祀神祈係保生大夲，帝姓吳各本字華基民間俗稱「吳真人」或「大道公」，生於宋朝太宗皇帝，太平興國四年(979)三月十五日於福建泉州同安縣，白礁鄉，祂是一位道德高尚醫術高明的神，也是醫生與藥商所奉祀的保護神。 帝少時即飽覽群書、勤學、歧黃醫術，年長以懸醫濟世為志業，拯救黎民之苦痛，並得西王母授以軀魔逐邪的法術，成道後屢現神蹟，有點龍睛、醫虎喉。助軍平亂、起死回生，泥馬度康王。化身顯靈用絲線把脈，醫治明成祖元配孝慈皇后之乳疾，明成祖洪熙元年敕封「恩主浩天醫靈妙惠真君，無極保生大帝」。 帝於宋景祐三年(1036)農曆五月初二午時羽化昇天，享年58歲，其在世時救人濟世，昇天後常顯化庇祐，深得崇敬，經歷代皇帝敕封，並造宮殿頌詠聖澤沐化黎民百姓，庇祐萬民。
有一次，大帝要往山林採藥煉丹，經過桑林看見一堆人的枯骨，祂撿起來一看，只見那堆骨已經失了左腿骨一支。 大帝於是取了一隻柳樹枝代替那左腿骨，及時畫符唸咒，說也奇怪那堆枯骨即刻變成人形。原來是一個童子，那童子站立起來，啼啼哭哭，說要尋找主人。大帝問他是什麼緣故？童子答說：「我伴主人要去同安之縣接任，行到山林，突被老虎衝散，老虎把我咬死（枯骨欠左腿骨，就是被老虎吞食），現在不知我主人的下落」。大帝勸他不必啼哭，我可以收你為陪伴書童。於是命他攜藥籠同行，到了途中，遇見他的主人正是同安縣知縣，姓江名仙官。他一見到書童很驚喜，問他：「你原來就是我的書童，你與我同往同安縣，赴任途中，遇見老虎，你被老虎咬死，為何現在還活在世間？」大帝便將起死回生之法從頭至尾說了一遍。那江知縣去告訴上峰，上峰半信半疑，問大帝說：「你既然有起死回生之法，可是能轉生為死嗎？」大帝點點頭，及時施符唸咒，放在水碗中，步罡踏斗，做法一變，那書童時又變成一堆枯骨。 江知縣看見大帝法力無邊，知道不是凡人，便懇求大帝收為徒弟，他已醒悟人生在世，爭名奪利終久無用，不如跟隨大帝修身學道。 大帝及時允准，收為門徒。江仙官再求大帝施法，將枯骨再化成書童。嗣後，江知縣返回衙門，將遇見異人，收為門徒的事，一一告訴張師爺（及張聖者），並表明願意棄官跟隨大帝隱居修道，並將官印交給他。張師爺得此仙機，也感覺到道法無窮，深悟爵祿榮華終是一無所得，天下既有此異人，豈能錯過，所以他也趁此機會棄官同行。 至此結草盧，隱居修真鍊道，終成正果。
宋仁宗的明道元年歲次壬申西曆１０３２年，漳州、泉州兩地方因久旱不下雨，以致發生飢荒，人民叫苦連天，無米可炊者比比皆是。 大帝聽見了這消息後，便搭蓋了一作高台，台上樹起一面大旗，親自登台步罡踏斗作法，向民眾宣布十天之內，有大船載米前來救濟；民眾半信半疑，望天等待那一天的來臨。不覺十天已到，果然有大船數十隻載米前來救濟。大帝按照人口的多寡分配糧食，而且不計較本錢；漳泉兩州災民，聞此濟米的消息，招兄呼弟接踵而至，接受配糧的一時人山人海。其實大帝在調遣神兵將去挽米糧濟急。經過了月餘，糧食因而不缺，地方才告安定。大帝有此慈悲，救災救難，漳泉兩郡災民皆得飽食，個個都感謝大帝功德無量。 不久登了帝位，在臨安建都，那時曾派人四處查訪，始知是大帝顯赫保駕。
當宋高宗還是太子的時候（按高宗即康王，是徽宗皇帝的第九子），大金國金术兀領兵侵犯中原，守軍無法抵敵，將太子康王送給金邦為質。經過長久的歲月，康王思念中原。有一夜，他看見月色明亮，便偷偷離開，步行到崔子廟，可是沒有馬匹是不能逃脫的，他正在焦急的時候，忽然聽到廟的廊下有馬嘶。他即刻跳上此馬逃走。當康王逃到江邊時，只見後面金兵快要追到，他急得舉頭仰天祈神保佑；說也奇怪，頃刻間看見神兵阻住金兵，那時康王又看見雲端露出旗旛，寫著大帝的名號。這是大帝顯聖護駕。康王逃回中原。
寶慶三年歲次丁亥西曆１２２７年，時太后患病沉重，請太醫施診不能痊癒，太醫啟奏理宗，出榜廣招賢士，無論何方人士凡能醫太后痊安者重賞酬答。大帝化為凡人，到城內賣麥芽膏鳴鑼數十響。古時不是官員一概不得隨便鳴鑼，大帝當時即因鳴鑼而被皇城兵士扣補問罪，責他因何青天白日鳴鑼？大帝說：現在太后有病，皇上出榜求醫，我有特製藥品能醫太后，可是無人引進，所以我才鳴鑼，望代為引進，奉上朝庭。守皇城的官員即時引他到五門候旨，不久皇上有旨傳大帝進殿，皇上問大帝：「你何方人氏，有何藥方可以醫治母後的病？」大帝實告姓名住址，並說：「現在太后的病喜食甜物，我以麥芽配合糯米精煉成膏，又甜又甘，又能收濕，可以治癒太后的病症。」皇上立刻命大帝在宮殿內精煉，親視煉製，不久精煉成膏，成皇上試食，果能既甜且甘，即時傳旨命太監送到後宮與太后服用。太后服過此方後，立刻便身輕氣爽明目，病症痊癒一半。皇上龍心大喜，即時賞金賜爵，但大帝金爵都不願接受，只希望皇上賜他販賣麥牙膏可以鳴鑼於願便足。皇上准奏。據說後日鳴鑼賣麥芽膏就是當時大帝受皇上敕賜而來的。大帝辭別皇上時，騎上白鶴飛去，皇上始知不是凡人，派官四處查訪，方知就是白礁英惠侯，皇上感念醫母后之恩，乃增封康祐侯。
明成祖永樂七年西曆1409年，文皇后患乳病非常沉重，好幾位太醫雖悉心醫治，仍然無效。太子眼見母后病危，十分焦急，於是出榜重賞徵求名醫。大帝化為道士上京拆榜，入朝請謁，太子傳進問其姓名住址，大帝以實告住泉州府同安縣白礁鄉，姓吳名本。太子轉告母后。皇后聽說，心理雖想早日痊癒，卻羞與道士相見。大帝知道她的意思，即說祇將絲線掛在太后病處，我在門外診療，任何病症都可以看得出。於是太后便密令內侍將絲線結在貓腳，請道士診察；大帝診後說這不是熊也不是豹恐怕是貓。太后又令將絲線結在門鐶中，再請道士診察。大帝診後又說，這是金木性，不是人的脈搏。太后經過一再試驗，他都知道真假，太后不勝驚異，這才將真的絲線放在乳部，我在屏外對絲線燒炙，就可以立刻痊癒。依照他的方法燒炙，果然應驗，乳病馬上就好了。太子感激道士醫術妙手回春，要贈送千金為禮，大帝不受，要賜爵，大帝又固辭，旋即飄然騎鶴飛去。 太子這才知道，他不是凡人。
相傳保生大帝有一次前往山中採藥，途中遇到一隻老虎；老虎先前吃了一名婦人，因一根骨頭梗住咽喉而在生死掙扎之際，保生大帝於心不忍，遂以符水醫治老虎。又傳，有一隻巨龍因害眼疾，化為人身求治；大帝識破其身分，並以符水點於龍眼，治癒其眼疾。興濟宮正殿左、右牆壁「畫龍點鱗」、「醫虎咽喉」的浮雕壁畫，喻意保生大帝「治龍眼、醫虎喉」的神蹟。